蛋白质纯化的下游应用需要高质量的精制提取物，以下一些是分离检测方法。

    免疫沉淀（IP）：此过程从固定的蛋白抗体产生抗原，并使用固体支持物从溶液中固化。该技术一开始是使用琼脂糖树脂开发的，但是由于提高了速度，便利性和自动化程度，现代纯化程序使用了磁珠。IP通常是测定技术或印迹之前的步骤。

    蛋白质组学：生物体的蛋白质组描述了其可以产生或使用的蛋白质的总集合。蛋白质组学研究的重点是鉴定人体中存在的所有蛋白质及其数量，功能和结构，这有助于更快地找到目标蛋白质。

    酶测定法：经常进行的操作是鉴定特定酶的存在或确定存在的总/特定酶的量，该测定法在测量酶活性中至关重要。实验可以是连续的或不连续的，通常必须控制准确的混杂因素，例如pH或温度。